應(yīng)納稅所得額為納稅人每一納稅年度的利潤總額減去費用后的余額。

法人稅應(yīng)納稅額的計算公式為：

應(yīng)納稅額 = 應(yīng)納稅所得額 × 適用稅率

①股息的處理：實行法人之間分配股息扣除制度。法人A對法人B持股達(dá)25%以上、持續(xù)時間在6個月以上的，法人A從法人B取得的股息全額不征稅；持股低于25%時，取得的股息80%不征稅。

②向外國分支機(jī)構(gòu)支付的特許權(quán)使用費：日本法人向外國分支機(jī)構(gòu)支付的特許權(quán)使用費允許扣除，但是必須符合獨立公平交易價格的規(guī)定。對資本弱化公司而言，負(fù)有關(guān)聯(lián)公司債務(wù)的日本法人支付利息的可扣除部分受到限制。運(yùn)用公式計算出的負(fù)債資產(chǎn)比例超過3：1時，不得扣除負(fù)債利息。

③固定資產(chǎn)折舊：納稅人可以選擇使用余額遞減法和直線法，殘值是購置成本的10%，網(wǎng)站服務(wù)器的使用年限為4年，稅法規(guī)定了不同種類固定資產(chǎn)的使用年限和使用上述兩種方法時的年折舊率。

④虧損結(jié)轉(zhuǎn)：法人合并、分立發(fā)生的經(jīng)營虧損，可以向后結(jié)轉(zhuǎn)5年，即允許從今后5年內(nèi)實現(xiàn)的利潤中抵扣（特殊情況允許結(jié)轉(zhuǎn)7年至10年），不論法人稅還是法人居民稅均不允許虧損向前結(jié)轉(zhuǎn)。

⑤準(zhǔn)備金制度：稅法允許為今后可能發(fā)生的費用或損失列支的稅收制度。現(xiàn)行準(zhǔn)備金包括：壞賬準(zhǔn)備金、返銷品調(diào)整準(zhǔn)備金、特別維修準(zhǔn)備金、海外投資風(fēng)險準(zhǔn)備金和金屬礦山預(yù)防災(zāi)害準(zhǔn)備金。

⑥交際費扣除：從2003年起，對資本金在1億日元以下的法人，交際費列支標(biāo)準(zhǔn)為400萬日元，允許實際扣除90%。

⑦留存利潤征稅制度：為防止關(guān)聯(lián)公司內(nèi)部過度使用節(jié)稅策略，日本規(guī)定了公司內(nèi)部留成比例最高限額，對年度留存利潤超過規(guī)定扣除限額的部分，采用特別稅率征收。考慮到內(nèi)部留成是中小企業(yè)的重要資金來源，因此對其超額留存利潤適用較低的三級累進(jìn)稅率：對不超過3000萬日元的部分，稅率為10%；超過3000萬日元至1億日元的部分，稅率為15%；超過億日元的部分，稅率為20%。從2003年至2006年期間，對于自有資本比率低于50%的中小企業(yè)，停止適用留存利潤征稅制度。

⑧捐贈款扣除：用于振興科教文衛(wèi)或社會福利事業(yè)的捐贈款，允許全額扣除。慈善捐款的扣除比率為應(yīng)納稅所得的1.25%或者實收資本的0.125%，但是，對外國分支機(jī)構(gòu)的捐款則一概不予扣除。

⑨未向稅務(wù)機(jī)關(guān)提供收款人姓名、住址等信息資料的費用支出一概不能扣除。除了征收正常的法人稅和居民稅以外，對這類費用支出還將適用48.28%的特殊稅率征稅。

⑩2002引進(jìn)母公司合并納稅制度：合并前母公司產(chǎn)生的虧損允許向后結(jié)轉(zhuǎn)5年，從企業(yè)重組后的年度應(yīng)納稅所得額中抵扣。